Từ ngày 21 tháng 2 năm 2012, theo ý kiến của Ban Bí thư Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam trong văn bản số 2501-CV/VPTW, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng chỉ định Trung tướng ngành Công an Phạm Dũng, Ủy viên Đảng ủy Công an Trung ương, nguyên Tổng cục trưởng Tổng cục An ninh làm trưởng ban Tôn giáo Chính phủ kiêm Thứ trưởng Bộ Nội vụ [4]. Trước đó, Trưởng ban Tôn giáo Chính phủ là ông Nguyễn Thái Bình-Ủy viên TW Đảng CSVN (nguyên bí thư tỉnh ủy Trà Vinh), nay là Bộ trưởng Bộ Nội vụ.

Ngày 11/9/2017, Bộ trưởng Nội vụ Lê Vĩnh Tân đã trao quyết định về việc tiếp nhận và bổ nhiệm ông Vũ Chiến Thắng - Cục trưởng An ninh Tây Bắc, Tổng cục An ninh, Bộ Công an, giữ chức vụ trưởng ban Ban Tôn giáo Chính phủ.